Analysis of one morecule RNA methylation in HNSCC

HNSCC 中一种细胞 RNA 甲基化分析

• 批准号: 20K18277
• 负责人: 望月 大極
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Hamamatsu University School of Medicine
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K18277/
• 关键词: RNA修飾; ナノポアシークエンサー; m6Aシークエンス; エピトランスクリプトーム; 1分子RNAメチル化; 頭頸部癌

DNAメチル化などの塩基修飾が癌化機構など多様な影響を与えることが広く認識されている。なかでも次世代シークエンサーの登場で近年分子生物学が発展し、RNA領域におけるエピトランスクリプトーム研究は広がりを見せている。我々はこれまで頭頸部癌において、腫瘍・正常検体を用いDNAメチル化を特に研究してきた。最近は、蛍光法を使ったRNAメチル化解析に取り組んだ。蛍光m6A測定法(EpiQuik m6A RNA Methylation Quantification Kit; Epigentek Group Inc.)にて頭頸部癌では癌部でm6A比率が高く、高m6A比率群は予後不良である結果を得ることができた。さらに、関連遺伝子群の解析及びノックダウン頭頸部癌細胞株を作成済みである。RNA修飾に関しての研究はまだ発展途上の分野である。我々は、頭頸部癌におけるRNA修飾に関して先駆的研究グループである。さらなる次世代とよばれるナノポアシークエンサーは、酵素反応を必要とせず、さらにcDNAを経ず、RNAそのものが直接１分子ごとにナノ孔を通過する際に生じる微弱な電流を計測することで塩基分子を識別することが可能である。今回我々はRNAを直接測定することでRNA修飾を損なわずに行え、ナノポアシークエンサーを使用したRNAメチル化解析法の確立（Direct RNA-seq）を行い、よりRNA修飾の実態にそった頭頸部癌におけるRNAメチル化と癌化機構についての知見を蓄積していきたい。本研究は、RNAを直接測定することでRNA修飾を損なわず、1分子ごと効率的に識別できるナノポアシークエンサーを使用したRNAメチル化解析法の確立を行い、よりRNA修飾の実態にそった頭頸部癌におけるRNAメチル化と癌化機構についての知見蓄積を目的としている。

人们普遍认为DNA甲基化等碱基修饰具有多种影响，包括癌变机制。特别是，随着下一代测序仪的出现，分子生物学近年来得到发展，RNA区域的表观转录组研究正在不断扩大。我们一直在使用肿瘤和正常标本专门研究头颈癌中的 DNA 甲基化。最近，我一直在研究利用荧光法进行RNA甲基化分析。使用荧光m6A测定方法（EpiQuik m6A RNA甲基化定量试剂盒；Epigentek Group Inc.），我们能够得到头颈癌癌变区域m6A比率较高的结果，并且高m6A比例组预后较差。此外，我们分析了相关基因并创建了敲低的头颈癌细胞系。 RNA修饰的研究仍然是一个发展中的领域。我们是头颈癌 RNA 修饰领域的先驱研究小组。被称为下一代的纳米孔测序仪不需要酶促反应或穿过cDNA，而是通过直接测量RNA本身一次一个分子地穿过纳米孔时产生的微弱电流来测量基础分子，从而可以识别。 。在本研究中，我们建立了一种使用纳米孔测序仪的RNA甲基化分析方法（Direct RNA-seq），该方法可以直接测量RNA而不损害RNA修饰，我们希望积累有关RNA甲基化和癌症癌变机制的知识。在本研究中，我们建立了一种使用纳米孔测序仪的RNA甲基化分析方法，该方法可以通过直接测量RNA，在不损害RNA修饰的情况下有效识别每个分子，目的是积累有关癌症中RNA甲基化和致癌机制的知识。

项目成果

Prostanoid receptor genes confer poor prognosis in head and neck squamous cell carcinoma via epigenetic inactivation.

前列腺素受体基因通过表观遗传失活导致头颈鳞状细胞癌预后不良。

• DOI: 10.1186/s12967-020-02214-1
• 发表时间: 2020
• 影响因子: 7.4
• 作者: Misawa K; Mima M; Yamada S; Imai A; Mochizuki D; Ishikawa R; Kita J; Yamaguchi Y; Endo S; Misawa Y;Mineta H
• 通讯作者: Mineta H

Overexpression of Sal-like protein 4 in head and neck cancer: epigenetic effects and clinical correlations

Sal 样蛋白 4 在头颈癌中的过度表达：表观遗传效应和临床相关性

• DOI: 10.1007/s13402-020-00509-5
• 发表时间: 2020
• 影响因子: 6.6
• 作者: Misawa Kiyoshi;Misawa Yuki;Mima Masato;Yamada Satoshi;Imai Atsushi;Mochizuki Daiki;Nakagawa Takuya;Kurokawa Tomoya;Endo Shiori;Kawasaki Hideya;Brenner John Chadwick.;Mineta Hiroyuki
• 通讯作者: Mineta Hiroyuki