Coding/Non-coding RNAの網羅的かつ精密な分類と性質の解析

全面精准的编码/非编码RNA分类及性质分析

基本信息

批准号：
21H02404
负责人：
松本有樹修
金额：
$ 11.15万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02404/
关键词：
Long non-coding RNA Coding RNA 翻訳プロファイリング機械学習

项目摘要

Long non-coding RNA（lncRNA）の定義は「タンパク質をコードしない200塩基以上のRNA」とされているが、われわれはこれまでに、一部のlncRNAがポリペプチドを翻訳することを明らかにしてきた。この発見は、これはどのようなRNAが翻訳され、どのようなRNAが翻訳されないのかということを規定する原理が不明であるために、coding RNAをnon-coding RNAと誤分類していたということを意味する。既存のRibo-seqはlncRNAが翻訳されているかの検討に有用な手法ではあるが、ノイズによる偽陽性（non-coding RNAをcoding RNAと誤同定する）が問題であった。そこでわれわれは、翻訳プロファイリング法を用いてRibo-seqの偽陽性を劇的に減少させる手法を開発した。この手法を用いることにより、Ribo-seqの偽陽性を大幅に減少させ、正確なcoding/non-coding RNAの分類が可能となった。昨年度は、翻訳プロファイリングによりさまざまなRNAの性質を解析する過程において、5’capを持たないRNA群を同定した。cap構造を持たないため、当初は翻訳されていない可能性が予想されたが、予想に反してリボソームとの強い相互作用が観察された。一方で、翻訳開始因子との相互作用は観察されなかった。

长非编码RNA（lncRNA）被定义为“不编码蛋白质的200个或更多碱基的RNA”，我们之前已经证明一些lncRNA可以翻译多肽。这一发现表明，编码 RNA 被错误分类为非编码 RNA，因为控制哪些类型的 RNA 被翻译以及哪些类型的 RNA 不被翻译的原理尚不清楚。尽管现有的 Ribo-seq 是检查 lncRNA 是否被翻译的有用方法，但由于噪声（将非编码 RNA 错误识别为编码 RNA），它会出现误报。因此，我们开发了一种使用翻译分析显着减少 Ribo-seq 误报的方法。通过使用这种方法，Ribo-seq 中的假阳性显着减少，并且编码/非编码 RNA 的准确分类成为可能。去年，在通过翻译分析分析各种RNA的特性的过程中，我们发现了一组没有5'帽的RNA。由于它没有帽结构，最初预计它可能不会被翻译，但与预期相反，观察到与核糖体的强烈相互作用。另一方面，没有观察到与翻译起始因子的相互作用。

项目成果

期刊论文数量（3）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Hidden ORFの同定と機能解析およびその発現制御機構の解明

隐藏ORF的鉴定、功能分析及其表达调控机制的阐明

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Oka K;Fujioka S;Kawamura Y;Komohara Y;Chujo T;Sekiguchi K;Yamamura Y;Oiwa Y;Omamiuda-Ishikawa N;Komaki S;Sutoh Y;Sakurai S;Tomizawa K;Bono H;Shimizu A;Araki K;Yamamoto T;Yamada Y;Oshiumi H;Miura K.;Ogi T.;松本　有樹修
通讯作者：
松本　有樹修

Identification of unannotated coding sequences and their physiological functions

未注释编码序列的鉴定及其生理功能