ゲノム・エピゲノム解析による口唇口蓋裂表現型のゆらぎの解明

通过基因组/表观基因组分析阐明唇裂和腭裂表型的波动

基本信息

批准号：
20K10106
负责人：
鈴木聡
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Aichi Gakuin University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

今年度の研究成果としては唾液を使用した最新機器を用いたDNA解析を行なっていることである。患者が複数名いる家族の４人のDNAを用いて解析を行っている。解析に用いた遺伝資料はオーラジーン唾液キットを用いて行った。質の良いDNAを得るために複数回にわたり採取をおこなった。採取を複数回行うということで患者家族に負担をかけ、また患者の受診状態に合わせたので予想以上に時間がかかった。また解析に使用した機器は最高品度のもので現在国内で使用できるもっとも高性能なオックスフォードナノポアテクノロジー社のプロメチオンを使用した。プロメチオンにはFLO-PRO114M 4Flowcellsのキットを使用した。これによりDNA多型のみならず構造変化、メチレーションの変化いついて全ゲノム解析を行っている。これにより口唇裂の裂型の違いは遺伝情報の構造的もしくは機能的変化によって「ゆらぎ」として発現しているのではないかと考えている。まず、DNAのクオリティについて長崎大学原爆後遺症害研究所にてチェックを行い、回収し、高度に精製したDNAは33-70μgであった。プロメチオンを用いたRUNでは一次クオリティチェック後では母１TB、リード平均長は13kb、父1.17TB、リード平均長は9.53kb、発端者1.21TB、リード平均長は13.32kb、姉妹１.14TB、リード平均長は10.74kbであった。現在は遺伝情報の2次スクリーニングとMappingを行なっている。これにより唾液由来のDNAにおいても超高性能でハイスループットなナノポア社プロメチオンの使用に耐えうるものであり、これにより採血をしなくても家族の同意さえ得ることが可能であるならばさらなるハイスループットなオミックス解析が可能性を示唆している。

今年的研究成果包括使用最新的唾液设备进行 DNA 分析。对一个有多名患者的家庭的四名成员的 DNA 进行了分析。用于分析的遗传数据是使用 Auragene 唾液试剂盒进行的。多次采集样品以获得高质量的DNA。多次采集样本给患者家属带来了负担，而且由于是根据患者病情量身定制，所以花费的时间比预期要长。此外，用于分析的设备是最高质量的，使用牛津纳米孔技术公司的Promethion，这是目前日本最高性能的设备。对于 promethion，使用了 FLO-PRO114M 4Flowcells 套件。这使得我们不仅可以对 DNA 多态性进行全基因组分析，还可以对结构变化和甲基化变化进行分析。这使我们相信，唇裂类型的差异可能表现为由于遗传信息的结构或功能变化而产生的“波动”。首先，在长崎大学原子弹爆炸后果研究所检查DNA的质量，回收并高度纯化的DNA量为33-70μg。在使用 Promethion 的 RUN 中，初次质量检查后，母亲为 1 TB，平均读取长度为 13 kb，父亲为 1.17 TB，平均读取长度为 9.53 kb，先证者为 1.21 TB，平均读取长度为13.32 kb，姐妹为1.14 TB，平均读取长度为9.53 kb，长度为10.74 kb。我们目前正在进行二次筛选和遗传信息图谱绘制。因此，唾液来源的 DNA 可以承受 Nanopore 的 Promethion 的使用，该产品具有超高性能和高通量，如果能够在不采集血液的情况下获得家人的同意，甚至可以实现更高的通量。可能性。

项目成果

期刊论文数量（4）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

口唇、口蓋裂患者に対する疫学的研究第70報：東海地区における2020年の本症出生調査報告

第70次唇腭裂患者流行病学研究报告：2020年东海地区唇腭裂出生调查报告

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
佐久間千里; 井村英人; 早川統子; 吉田和加; 藤原久美子; 鈴木聡; 古川博雄; 新美照幸;南克浩; 吉田磨弥; 森明弘; 伊東雅哲; 秋山泰範; 秋山友樹; 夏目長奈; 夏目長門
通讯作者：
夏目長門

TFAP2A and JAM3 polymorphisms in nonsyndromic cleft lip palate among Vietnamese population

越南人群非综合征性唇腭裂中 TFAP2A 和 JAM3 多态性

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nguyen Minh Duc; Satoshi Suzuki; Hideto Imura; Gia Loc Pham Nguyen; Nagato Natsume
通讯作者：
Nagato Natsume

TFAP2A and JAM3 polymorphisms in nonsyndromic cleft lip palate among Vietnamese population

越南人群非综合征性唇腭裂中 TFAP2A 和 JAM3 多态性

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nguyen Minh Duc; Satoshi Suzuki; Hideto Imura; Gia Loc Pham Nguyen; Nagato Natsume
通讯作者：
Nagato Natsume

Family based and case-control designs reveal an association of TFAP2A in nonsyndromic cleft lip only among Vietnamese population.

基于家庭和病例对照设计揭示了 TFAP2A 仅在越南人群中与非综合征性唇裂相关。

DOI：
10.1002/mgg3.1754
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nguyen DM; Suzuki S; Imura H; Niimi T; Furukawa H; Ta TV; Tong SM; Nguyen TT; Pham LNG; Tran DL; Natsume N.
通讯作者：
Natsume N.

TFAP2A and JAM3 polymorphisms in nonsyndromic cleft lip palate among Vietnamese population

越南人群非综合征性唇腭裂中 TFAP2A 和 JAM3 多态性