Highly Sensitive Detection for HBV Driver Mutations and Construction of a PRS Model

HBV驱动基因突变的高灵敏检测及PRS模型构建

基本信息

批准号：
21K07997
负责人：
西田奈央
金额：
$ 2.58万
依托单位：
National Center for Global Health and Medicine
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07997/
关键词：
次世代シークエンサー hepatocellular carcinoma hepatitis B virus B型肝炎 NGS HCC HBV 肝がんドライバー変異 PRS

项目摘要

研究協力施設である東京大学、九州大学、久留米大学において収集された182症例のB型肝炎を背景とする肝がん患者由来の肝細胞がん組織（がん部、非がん部）を対象として、カスタムキャプチャーパネルを用いたディープシークエンス（SureSelect解析）を実施した。さらに開発済であるがんゲノム解析パイプラインを使用して、SNV、InDel、SV（構造多型）、HBV-DNA挿入の検出を行った。R4年度中に、さらに56症例のB型肝炎を背景とする肝細胞がん組織試料を研究協力施設から収集した。令和3年度にカスタムキャプチャーパネルによるディープシークエンスが完了していた95症例について、核酸アナログによる治療歴や再発の有無といった詳細な臨床情報を収集し、キュレーションを実施した。さらにWGSデータからHLA遺伝子型を決定し、がんゲノム解析パイプラインを用いてHBV-DNA挿入の総数やウイルス変異の有無などを明らかにしてリストにまとめた。HBV-DNA挿入数に影響を与える臨床検査値が存在し、特定のウイルス変異がHBV-DNA挿入数に影響を与えることを明らかにした。また、カスタムキャプチャーシークエンスによる高感度検出系の精度評価を目的として、肝細胞がん組織のがん部と非がん部から抽出したDNAを混合することで、低頻度に存在する変異を疑似的に作成し、カスタムキャプチャーシークエンスを実施した。来年度は、低頻度に存在する変異を精度高く検出するために、がんゲノム解析パイプラインの最適なパラメータ選択を行う予定である。

针对东京大学、九州大学和久留米大学等研究伙伴机构收集的 182 例具有乙型肝炎背景的肝癌患者的肝细胞癌组织（癌性和非癌性）进行深度测序（SureSelect 分析）。使用自定义捕获面板执行。此外，使用开发的癌症基因组分析流程，我们检测了 SNV、InDels、SV（结构多态性）和 HBV-DNA 插入。在 R4 年期间，从研究合作伙伴机构收集了另外 56 个具有乙型肝炎背景的肝细胞癌组织样本。对于 2021 财年使用定制捕获面板完成深度测序的 95 例病例，收集并整理了详细的临床信息，包括核酸类似物的治疗史以及是否存在复发。此外，根据全基因组测序数据确定 HLA 基因型，并使用癌症基因组分析流程确定 HBV-DNA 插入的总数以及是否存在病毒突变，并编制列表。我们发现有实验室测试值会影响 HBV-DNA 插入的数量，并且某些病毒突变会影响 HBV-DNA 插入的数量。此外，为了评估使用定制捕获序列的高灵敏度检测系统的准确性，通过混合从肝细胞癌组织的癌性和非癌性区域提取的DNA，我们创建了低频率发生的模拟突变。并执行自定义捕获序列。明年，我们计划为癌症基因组分析流程选择最佳参数，以便高精度检测低频发生的突变。

项目成果

期刊论文数量（13）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Importance of HBsAg recognition by HLA molecules as revealed by responsiveness to different hepatitis B vaccines

通过对不同乙型肝炎疫苗的反应揭示 HLA 分子识别 HBsAg 的重要性

DOI：
10.1038/s41598-021-82986-8
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nao Nishida; Masaya Sugiyama; Aiko Sakai; Katsushi Tokunaga; Masashi Mizokami et al.
通讯作者：
Masashi Mizokami et al.

ポリジェニックスコアの基礎

多基因评分的基础知识