Analysis of the function of antigen-presenting cells present in the stroma of colorectal cancer and the intracellular microbiome

结直肠癌基质中抗原呈递细胞和细胞内微生物组的功能分析

基本信息

批准号：
21K08723
负责人：
西村潤一
金额：
$ 2.75万
依托单位：
Osaka International Cancer Institute
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

「大腸粘膜および抗原提示細胞に存在する腸内細菌の解析」前年度に課題として細菌DNAの安定的な抽出方法の確立を目指すために、炎症性腸疾患症例における腸管の細胞内細菌を解析した過去の手法を用いてDNAの抽出方法を検討した（Sekido Y, Sci Rep. 2020, corresponding author Nishimura J）。また、過去の他の文献も参考にし、以前と同様にDNA抽出の際にNucleoSpin Tissue XSを使用したが、抽出の際に使用する酵素のproteinase KとLysozymeとAchromopeptidaseの濃度調整を行い、複数症例を費やすことによって、安定したDNAの抽出を行えるようになった。5症例から、①大腸癌部、②非大腸癌部分、③腸粘膜、④①の分離に使用したシース液、⑤②の分離に使用したシース液の各々5検体よりDNA抽出を行い、計25検体で大阪大学微生物病研究所ゲノム解析室に次世代シークエンス解析を依頼した。5症例、各5検体ともシークエンスは可能であり、シークエンスカウントは63248～982656であった。検体間での④と⑤の違いは少なかった。今後①、②については④、⑤のバックグラウンドを消去したのちに①、②、③で比較検討を行い、①に特徴的な腸内細菌叢を同定する予定である。

上一年，对大肠粘膜和抗原呈递细胞中存在的肠道细菌的分析，为了建立一种稳定的细菌DNA提取方法，我们使用过去的肠内细菌分析了在炎症性肠道病中的肠内细胞中的细胞内细菌进行了DNA的提取方法（sekido is sekiim y。同样，使用先前的其他文献作为参考，核素素组织XS与以前一样用于DNA提取，但是通过调整蛋白酶K，溶菌酶和achromopeptidase酶的浓度，在提取过程中使用了多种情况，可以使用稳定的DNA提取。从五个病例中提取DNA从五个样本中提取：1）结肠癌区域，2）非哥伦癌区域，3）肠粘膜，4）用于分离肠粘膜的鞘溶液，以及5）5）用于分离55个标本的鞘溶液，以及要求分离25个标本的鞘溶液，以分析下一代序列。所有五个病例都可以进行测序，每种情况均为63248-982656。 ④和⑤之间的标本之间几乎没有差异。将来，我们计划消除①和②的背景，然后比较和检查①，②和③，以识别①的独特肠道微生物群。