新奇構造を有するRNAウイルス複製酵素の機能・普遍性の解明

阐明具有新颖结构的RNA病毒复制酶的功能和通用性

基本信息

批准号：
21J10873
负责人：
千葉悠斗
金额：
$ 0.96万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-28 至 2023-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21J10873/
关键词：
RNAウイルス RdRp 公共データベースマイコウイルス糸状菌

项目摘要

本研究の目的は分割型RdRpの機能と普遍性を明らかにし、その実態について迫ることである。本年度は主に分割型RdRpの普遍性の解明に取り組んだ。前年度までに分割型RdRpの分割様式には多様性があることを明らかにしたが、依然として既知の分割型RdRpは糸状菌に感染するNarnaviridae科ウイルスに限られている。そこで、①分割型RdRpを持つウイルスが糸状菌以外の生物にも存在しているのか、②Narnaviridae科ウイルス以外のウイルス科にも分割型RdRpが存在しているのか、この２点の解明を目指した。①の可能性を探るために、原生生物培養株のRNA-seqデータであるMMETSPから分割型RdRpを探索した。探索は、既知の分割型RdRpをもつ糸状菌由来のNarnaviridae科ウイルス配列をqueryに、MMETSP由来のcontigをデータベースにblastp解析することで行った。その結果、珪藻由来の単一のシーケンスライブラリーから分割型RdRpの前半と後半の両方が検出され、分割型RdRpを持つウイルスが糸状菌以外にも存在することが示唆された。公共のシーケンスデータからの解析に加え、独自にFLDS法（RNA-seqなどの従来ほうよりも効率よく分割を構成する2分節の両方を検出可能）で原生生物培養株から取得したシーケンスデータを解析した。結果として、分割型RdRpをもつウイルスは検出されなかった。しかし、この過程でHaloplacidia spから新規のNarnaviridae科ウイルスを検出し、BigyraにもNarmaviridae科ウイルスが存在することを初めて示唆した。②の可能性を探るために、FLDS法（分割を構成する2分節の両方を検出可能）で取得したデータの解析とFLDS法由来のデータの大規模化に備えたメソッドの確立に取り組んだ。これに関しては、データ解析とメソッド確立ともに現在進めている最中である。

本研究的目的是阐明分裂型RdRp的功能和普遍性，并探讨其现实性。今年我们主要致力于阐明分体式RdRp的普适性。尽管前年已揭示分裂型RdRp的分裂模式存在多样性，但已知的分裂型RdRp仍仅限于感染丝状真菌的纳纳病毒科病毒。因此，我们的目的是澄清两点：（1）具有分裂RdRp的病毒是否存在于丝状真菌以外的生物体中，以及（2）分裂RdRp是否也存在于纳纳病毒科以外的病毒科中。为了探索可能性①，我们从MMETSP中搜索了分裂的RdRp，MMETSP是培养的原生菌株的RNA-seq数据。该搜索是通过查询源自已知分裂 RdRp 的丝状真菌的纳纳病毒科病毒的序列，并对源自 MMETSP 的重叠群进行blastp分析进入数据库来进行的。结果，在源自硅藻的单一序列文库中检测到了断裂RdRp的前半部分和后半部分，这表明具有断裂RdRp的病毒存在于丝状真菌以外的区域。除了对公共序列数据进行分析之外，我们还使用 FLDS 方法独立分析从培养的原生生物菌株获得的序列数据（与 RNA-seq 等传统方法相比，该方法可以更有效地检测构成分裂的两个片段）。。结果，没有检测到带有裂解RdRp的病毒。然而，在此过程中，我们从Haloplacidia sp中检测到了一种新的纳纳病毒科病毒，这首次表明Bigyra也含有纳纳病毒科病毒。为了探索②的可能性，我们致力于分析通过FLDS方法获得的数据（可以检测构成该片段的两个片段），并建立一种可用于放大从FLDS获得的数据的方法方法。对此，目前正在进行数据分析和方法建立。

项目成果

期刊论文数量（2）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

The First Identification of a Narnavirus in Bigyra, a Marine Protist

首次在海洋原生生物 Bigyra 中鉴定出纳RNA病毒

DOI：
10.1264/jsme2.me22077
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
2.2
作者：
Chiba Y;Yabuki A;Takaki Y;Nunoura T;Urayama SI;Hagiwara D
通讯作者：
Hagiwara D

The First Identification of a Narnavirus in Bigyra, a Marine Protist

首次在海洋原生生物 Bigyra 中鉴定出纳RNA病毒

DOI：
10.1264/jsme2.me22077
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
2.2
作者：
Chiba Yuto;Yabuki Akinori;Takaki Yoshihiro;Nunoura Takuro;Urayama Syun;Hagiwara Daisuke
通讯作者：
Hagiwara Daisuke

Splitting of RNA-dependent RNA Polymerase is Common in Narnaviridae: Identification of a type II Divided-RdRp from Deep-Sea Fungal Isolates

RNA依赖性RNA聚合酶的分裂在Narnaviridae中很常见：从深海真菌分离物中鉴定II型分裂-RdRp