炎症性腸疾患における免疫細胞の分化可塑性の機序と病態の解明

阐明炎症性肠病免疫细胞分化可塑性的机制和病理学

基本信息

批准号：
21K07895
负责人：
村上真理
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07895/
关键词：
炎症性腸疾患獲得免疫細胞シングルセル解析免疫細胞

项目摘要

T細胞の過剰な免疫応答は炎症性腸疾患の主たる誘因であるが、炎症性腸疾患特異的T細胞サブセットは今まで報告されていなかった。これまでの研究において我々はヒト腸管粘膜固有層T細胞を単一細胞レベルで包括的に解析することにより、炎症性の性質を有するクローン病特異的T細胞サブセットを同定した。本研究ではこれらの研究から得られた知見と手法をさらに発展させ、クローン病特異的T細胞サブセットの誘導を制御する上流の因子について明らかにすることを目的とする。クローン病患者の切除腸管病変部および大腸癌患者の非癌部（コントロール）の腸管粘膜固有層よりリンパ球を単離し、シングルセルRNA-seqおよびシングルセルATAC-seqを行った。まず、シングルセルRNA-seq解析より各サブセットにおける発現変動遺伝子を抽出し、得られた各細胞サブセットの遺伝子発現プロファイルの結果からこれまでの研究で見出したクローン病特異的T細胞サブセットに該当するサブセットを同定した。さらに同検体を用いて行ったシングルセルATAC-seqの結果から、クローン病特異的サブセットにおいて他のサブセットに比して有意に多く発現するオープンクロマチンモチーフを検出し、そこに結合する転写因子をランク付けするとともに、複数のバイオインフォマティクス解析を組み合わせることにより、クローン病特異的T細胞サブセットを制御すると考えられる候補転写因子を複数個絞り込んだ。これらの候補転写因子をin vitroの実験系でさらに絞り込む予定である。さらにシングルセルRNA-seqの結果より、この疾患特異的サブセットには腸内細菌由来の代謝物の受容体がきわめて特異的に発現することを見出した。

T细胞的过度免疫反应是炎症性肠病的主要触发因素，但迄今为止尚未有炎症性肠病特异性T细胞亚群的报道。在之前的一项研究中，我们在单细胞水平上全面分析了人肠固有层 T 细胞，并鉴定了具有炎症特性的克罗恩病特异性 T 细胞亚群。在这项研究中，我们的目标是进一步发展从这些研究中获得的知识和方法，并阐明控制克罗恩病特异性 T 细胞亚群诱导的上游因素。从克罗恩病患者切除的肠道病灶和结直肠癌患者的非癌区（对照）的肠固有层中分离淋巴细胞，并进行单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq。首先，我们通过单细胞RNA-seq分析提取每个亚群中差异表达的基因，并根据每个细胞亚群的基因表达谱结果，鉴定出与之前发现的克罗恩病特异性T细胞亚群相对应的亚群。研究确定。此外，根据使用相同样本进行的单细胞 ATAC-seq 的结果，我们检测到一个开放染色质基序，该基序在克罗恩病特异性亚群中的表达显着高于其他亚群，并对与该基序结合的转录因子进行了排序此外，通过结合多种生物信息学分析，我们缩小了被认为控制克罗恩病特异性 T 细胞亚群的多个候选转录因子的范围。我们计划使用体外实验系统进一步缩小这些候选转录因子的范围。此外，单细胞 RNA 测序结果表明，这种疾病特异性子集高度特异性地表达肠道细菌衍生代谢物的受体。

项目成果

期刊论文数量（5）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

包括的解析によりクローン病で同定された組織局在性T細胞サブセットの病態形成への役割

通过全面分析发病机制确定组织局部 T 细胞亚群在克罗恩病中的作用

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
村上真理;横井健人;竹田潔
通讯作者：
竹田潔

ヒト腸管免疫担当細胞のシングルセル解析

人肠道免疫活性细胞的单细胞分析

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
村上真理
通讯作者：
村上真理

包括的解析によるヒト腸疾患の免疫プロファイリング

综合分析人类肠道疾病的免疫谱

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Ichise Eisuke;Chiyonobu Tomohiro;Ishikawa Mitsuru;Tanaka Yasuyoshi;Shibata Mami;Tozawa Takenori;Taura Yoshihiro;Yamashita Satoshi;Yoshida Michiko;Morimoto Masafumi;Higurashi Norimichi;Yamamoto Toshiyuki;Okano Hideyuki;Hirose Shinichi;村上真理
通讯作者：
村上真理

Deep profiling identifies a unique tissue resident CD4＋T-cell subset enriched in Crohn’s disease.

深度分析识别了克罗恩病中富含的独特组织驻留 CD4+T 细胞亚群。