全国主要漁場における養殖マダイ逸出の分子遺伝学的調査

全国主要渔场养殖红鲷逃逸情况的分子遗传学调查

• 批准号: 21K05730
• 负责人: 澤山 英太郎
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Nihon University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K05730/
• 关键词: マダイ; 養殖; 逸出; 一塩基多型; 集団構造; 逸出個体; 個体識別; 交雑

本年度は昨年度に開発した一塩基多型（SNP）パネルを用い、わが国沿岸で漁獲されたマダイの集団構造解析を行うとともに、逸出状況のモニタリングを行った。まず、日本各地で漁獲された天然マダイ7集団（青森、兵庫、三重、和歌山、高知、長崎、熊本）、養殖マダイ5集団の計12集団について、それぞれ21～53個体の尾鰭からDNAを抽出し、249個の遺伝子座をマルチプレックスPCRにより増幅した。得られたPCR産物はインデックス配列を付与後、MiSeqにより配列情報を取得した。得られた塩基配列中のSNPを用いて集団遺伝解析を行うことで、遺伝的多様性や遺伝的集団構造を推定した。SNPパネルをマルチプレックス増幅し、MiSeqで塩基配列を取得した結果、198個の高品質なSNPが得られ以降の解析に用いた。各集団の近交係数を求めたところ、天然集団は0.000～0.053の値を示したのに対し、養殖集団では負の値（-0.014～-0.107）を示した。マンテル検定によると、天然集団の地理的距離と遺伝的距離に相関は見られなかった（r2=0.004）。デルタKおよびLnP(K)を指標に遺伝的集団構造を推定したところ、天然集団は1つのグループとして識別された。しかしながら、DAPC解析では高知集団が他の天然集団と比べて養殖集団と遺伝距離が近いことが確認された。逸出個体の出現頻度を調べたところ、高知浦ノ内湾で13.2%、三重南伊勢で2.1%の割合で逸出個体が認められた。なお、他の地点では逸出個体が確認されなかったが、漁獲する時期や漁法、漁場による違いが影響している可能性も否定はできない。

在这个财政年度，使用去年开发的一个基本多形（SNP）面板，我们进行了沿日本沿海捕获的红海的小组结构，并监视了情况。首先，将DNA从21至53个尾鳍中提取，总共在日本各个地区捕获了12个天然红海（Aomori，yogo，mie，wakayama，wakayama，kochi，nagasaki，nagasaki，kumamoto）。 。通过Miseq获得索引阵列后，获得的PCR产物是授予的。通过在获得的碱基序列中使用SNP进行组遗传分析来估算遗传多样性和遗传群体结构。 SNP面板被放大多重并在Miseq中获得基础序列，并在获得后用于分析198个高质量的SNP。计算每个组的系数时，自然组的值为0.000至0.053，而水产养殖组的值为负值（-0.014 -0.107）。根据壁炉架测试，在自然组的地理距离和遗传距离中未发现相关性（R2 = 0.004）。遗传组结构由Delta K和LNP（K）估计为指数，并且自然组被确定为一个组。但是，DAPC分析证实，与其他天然群体相比，高知组更接近水产养殖组。根据个人出现的频率，在高知纳米湾（Namai Bay）发现了种群，在Mie Minami ISE中发现了2.1％。在其他一点上，没有确认敬业的人，但是不能否认捕捞方法，捕鱼方法以及捕鱼场之间的差异可能受到影响。

项目成果

ゲノムワイド一塩基多型を用いた養殖マダイの集団遺伝学的評価

利用全基因组单核苷酸多态性对养殖红鲷进行群体遗传评价

• 发表时间: 2021
• 作者: Waki Tsukasa;Sasaki Mizuki;Matsubara Hajime;Shimano Satoshi;小川和夫・佐田直也・杉原志貴・宮﨑悠暉・白樫 正・上野睦生・倉持奏良・山本 剛;澤山英太郎・半田佳宏・勝又啓史・中野江一郎
• 通讯作者: 澤山英太郎・半田佳宏・勝又啓史・中野江一郎

Major histocompatibility IIβ diversity and peptide-binding groove properties associated with red sea bream iridovirus resistance

与红鲷虹彩病毒抗性相关的主要组织相容性 IIβ 多样性和肽结合沟特性

• DOI: 10.1016/j.aquaculture.2022.738038
• 发表时间: 2022
• 期刊: Aquaculture
• 影响因子: 4.5
• 作者: Sawayama Eitaro;Tanizawa Shiho;Nakayama Kei;Ito Risa;Akase Yuri;Kitamura Shin-Ichi
• 通讯作者: Kitamura Shin-Ichi

Identification of the causative gene of a transparent phenotype of juvenile red sea bream Pagrus major

• DOI: 10.1038/s41437-021-00448-3
• 发表时间: 2021-06
• 期刊: Heredity
• 影响因子: 3.8
• 作者: E. Sawayama;Y. Handa;Koichiro Nakano;D. Noguchi;M. Takagi;Yosuke Akiba;Shuwa Sanada;G. Yoshizaki;Hayato Usui;Kenta Kawamoto;Miwa Suzuki;K. Asahina

日本近海に生息するマダイの集団遺伝構造

日本周边海域红鲷的种群遗传结构

• 发表时间: 2023
• 作者: Hatano;K;Kawamura;R;Watabe;Y;Ogiso;S;Nagami;A;Matsubara;H;Urata;M;Matsumoto;K;Yachiguchi;K;Shimizu;N;Hirayama;J;Furusawa;Y;Tabuchi;Y;Srivastav;A.K;Suzuki;N;藤原成晴・田内哲平・山崎藤子・高木基裕・澤山英太郎
• 通讯作者: 藤原成晴・田内哲平・山崎藤子・高木基裕・澤山英太郎

Polymorphisms of growth‐ and immune‐related genes in cultured red sea bream Pagrus major identified by gene‐related DNA markers

通过基因相关DNA标记鉴定养殖真鲷生长和免疫相关基因的多态性

• DOI: 10.1111/jai.14184
• 发表时间: 2021
• 期刊: Journal of Applied Ichthyology
• 影响因子: 0.9
• 作者: Sawayama Eitaro;Kobayashi Wataru;Nakao Hironori;Yamada Yuuki;Takagi Motohiro
• 通讯作者: Takagi Motohiro