全国主要漁場における養殖マダイ逸出の分子遺伝学的調査

全国主要渔场养殖红鲷逃逸情况的分子遗传学调查

基本信息

批准号：
21K05730
负责人：
澤山英太郎
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Nihon University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K05730/
关键词：
マダイ養殖逸出一塩基多型集団構造逸出個体個体識別交雑

项目摘要

本年度は昨年度に開発した一塩基多型（SNP）パネルを用い、わが国沿岸で漁獲されたマダイの集団構造解析を行うとともに、逸出状況のモニタリングを行った。まず、日本各地で漁獲された天然マダイ7集団（青森、兵庫、三重、和歌山、高知、長崎、熊本）、養殖マダイ5集団の計12集団について、それぞれ21～53個体の尾鰭からDNAを抽出し、249個の遺伝子座をマルチプレックスPCRにより増幅した。得られたPCR産物はインデックス配列を付与後、MiSeqにより配列情報を取得した。得られた塩基配列中のSNPを用いて集団遺伝解析を行うことで、遺伝的多様性や遺伝的集団構造を推定した。SNPパネルをマルチプレックス増幅し、MiSeqで塩基配列を取得した結果、198個の高品質なSNPが得られ以降の解析に用いた。各集団の近交係数を求めたところ、天然集団は0.000～0.053の値を示したのに対し、養殖集団では負の値（-0.014～-0.107）を示した。マンテル検定によると、天然集団の地理的距離と遺伝的距離に相関は見られなかった（r2=0.004）。デルタKおよびLnP(K)を指標に遺伝的集団構造を推定したところ、天然集団は1つのグループとして識別された。しかしながら、DAPC解析では高知集団が他の天然集団と比べて養殖集団と遺伝距離が近いことが確認された。逸出個体の出現頻度を調べたところ、高知浦ノ内湾で13.2%、三重南伊勢で2.1%の割合で逸出個体が認められた。なお、他の地点では逸出個体が確認されなかったが、漁獲する時期や漁法、漁場による違いが影響している可能性も否定はできない。

今年，我们使用了去年开发的单核苷酸多态性（SNP）面板来分析沿日本海岸捕获的红海的种群结构，并监测其发生的状态。首先，从21至53个人群的尾鳍中提取DNA，其中包括七个天然红海出发烟群（Aomori，Aomori，Nyogo，Mie，Wakayama，wakayama，wakayama，Kochi，Nagasaki，Nagasaki，kumamoto）和5个耕种的红海bream种群，这些人群被日本捕获了所有杂物，并被所有日本捕获了倍数。为获得的PCR产物提供了索引序列，然后使用Miseq获得了序列信息。通过在获得的基础序列中使用SNP进行遗传学分析，估计了遗传多样性和遗传种群结构。 SNP面板是多路复用的，并使用Miseq获得了基础序列，并获得了198个高质量的SNP并用于后续分析。当确定每个人群的近交系数时，自然人口的值在0.000至0.053之间，而水产养殖种群的值为负值（-0.014至-0.107）。壁炉架试验在自然人群中的地理和遗传距离之间没有相关性（R2 = 0.004）。使用Delta K和LNP（K）估算遗传种群结构作为指标，并将自然人口确定为单个组。但是，DAPC分析证实，高知的人口比其他天然人群更接近养殖种群。当检查了死者个体的发生频率时，高知瓦尼湾的病例占13.2％，而Mie Minami ISE的病例中有2.1％。尽管在其他地方没有证实失踪的人，但不能否认在捕捞时间，捕鱼方法和捕鱼场上的差异可能会产生影响。

项目成果

期刊论文数量（7）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

ゲノムワイド一塩基多型を用いた養殖マダイの集団遺伝学的評価

利用全基因组单核苷酸多态性对养殖红鲷进行群体遗传评价

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
Waki Tsukasa;Sasaki Mizuki;Matsubara Hajime;Shimano Satoshi;小川和夫・佐田直也・杉原志貴・宮﨑悠暉・白樫正・上野睦生・倉持奏良・山本剛;澤山英太郎・半田佳宏・勝又啓史・中野江一郎
通讯作者：
澤山英太郎・半田佳宏・勝又啓史・中野江一郎

Major histocompatibility IIβ diversity and peptide-binding groove properties associated with red sea bream iridovirus resistance

与红鲷虹彩病毒抗性相关的主要组织相容性 IIβ 多样性和肽结合沟特性

DOI：
10.1016/j.aquaculture.2022.738038
发表时间：
2022
期刊：
Aquaculture
影响因子：
4.5
作者：
Sawayama Eitaro;Tanizawa Shiho;Nakayama Kei;Ito Risa;Akase Yuri;Kitamura Shin-Ichi
通讯作者：
Kitamura Shin-Ichi

日本近海に生息するマダイの集団遺伝構造

日本周边海域红鲷的种群遗传结构

DOI：
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
0
作者：
Hatano;K;Kawamura;R;Watabe;Y;Ogiso;S;Nagami;A;Matsubara;H;Urata;M;Matsumoto;K;Yachiguchi;K;Shimizu;N;Hirayama;J;Furusawa;Y;Tabuchi;Y;Srivastav;A.K;Suzuki;N;藤原成晴・田内哲平・山崎藤子・高木基裕・澤山英太郎
通讯作者：
藤原成晴・田内哲平・山崎藤子・高木基裕・澤山英太郎

Identification of the causative gene of a transparent phenotype of juvenile red sea bream Pagrus major

DOI：
10.1038/s41437-021-00448-3
发表时间：
2021-06
期刊：
Heredity
影响因子：
3.8
作者：
E. Sawayama;Y. Handa;Koichiro Nakano;D. Noguchi;M. Takagi;Yosuke Akiba;Shuwa Sanada;G. Yoshizaki;Hayato Usui;Kenta Kawamoto;Miwa Suzuki;K. Asahina
通讯作者：
E. Sawayama;Y. Handa;Koichiro Nakano;D. Noguchi;M. Takagi;Yosuke Akiba;Shuwa Sanada;G. Yoshizaki;Hayato Usui;Kenta Kawamoto;Miwa Suzuki;K. Asahina

Polymorphisms of growth‐ and immune‐related genes in cultured red sea bream Pagrus major identified by gene‐related DNA markers

通过基因相关DNA标记鉴定养殖真鲷生长和免疫相关基因的多态性

DOI：
10.1111/jai.14184
发表时间：
2021
期刊：
Journal of Applied Ichthyology
影响因子：
0.9
作者：
Sawayama Eitaro;Kobayashi Wataru;Nakao Hironori;Yamada Yuuki;Takagi Motohiro
通讯作者：
Takagi Motohiro